Il museo, sia negli spazi espositivi interni che nel borgo fluviale stesso di Battaglia Terme lungo il canale medievale Battaglia, rappresenta le memoria storica di un'attività millenaria imprenditoriale fondamentale per lo sviluppo delle civiltà nel mondo e nella pianura padano-veneta: la navigazione fluviale e lagunare per il trasporto di merci e persone. Oggi la navigazione interna italiana è principalmente dedicata al turismo e diportismo, ma sta ripartendo l'interesse anche per il trasporto delle merci, come già avviene nei maggiori Paesi europei e mondiali.