Il Museo, realizzato nel 1988, è allestito negli spazi sotterranei sottostanti la monumentale sacrestia del Tempio dell’Incoronata, l’atrio di quest’ultima e la galleria destra di ingresso alla chiesa. Lo spazio consta di tre locali di diverse dimensioni caratterizzati dal reciproco intersecarsi di volte a botte e a vela, archi, nicchie, strombature di finestre. Merita una breve descrizione anche il Tempio Civico dell’Incoronata, un gioiello architettonico del Rinascimento lombardo incastonato nel cuore della città.